La TGIR PROGEDO s’organise thématiquement autour de grands départements chargés d’animer des communautés de recherche transverses aux disciplines. Ces départements, animés par un·e enseignant·e-chercheur·e ou un·e chercheur·e, travaillent en synergie entre eux et avec les différents niveaux de la TGIR : équipes des enquêtes internationales, équipe de la diffusion nationale (QPD), équipe locale des PUD. Chaque département a des objectifs spécifiques qui correspondent aux enjeux de leur thématique en regard des données existantes ou à créer. Ils collaborent avec des équipes partenaires de la TGIR et au delà des SHS.